با افزایش تعداد مزارع و اندازه ناهماهنگ مزارع، این نتیجه حاصل می شود که مشکلات رایج پرورش خوک در این مرحله عمدتاً در مشکلات زیست محیطی مزارع و مشکلات ساخت و ساز مزارع منعکس می شود.
1. مشکلات زیست محیطی دامداری ها را می توان به دو دسته آلودگی داخلی و آلودگی خارجی تقسیم کرد. دلیل اصلی این پدیده این است که بسیاری از مزارع پرورشی به کارهای حفاظتی و تصفیه محیط زیست توجه نمی کنند و پسماندهای حاصل از انباشته شدن کود خوک، شستشو و تخلیه ادرار به میل خود بر محیط زیست محیطی اطراف و رشد سالم آن تأثیر می گذارد. گله خوک تجهیزات پاکسازی کود و
تجهیزات تخمیر عمودی هوازیمی توان برای تصفیه مواد زائد جامد در فرآیند پرورش استفاده کرد.
2. اصلاح مشکلات ساخت مزرعه عمدتاً به دلیل چیدمان نامعقول و مکان نامناسب. می تواند باعث عفونت بیماری خوکی و به زودی شود.